新生儿甲减治疗原则是早期诊断，足量治疗。甲状腺激素治疗启动得越早越好，必须在产后4-6周内开始，延迟治疗将会影响患儿的神经智力发育。治疗药物选择左甲状腺素钠（L-T4）。L-T4起始剂量每天10-15微克/千克（体重）。治疗目标是使血清TT4水平尽快达到正常范围，并且维持在新生儿正常值得上限范围，即10-16微克/分升。为保证治疗的确切性，达到目标要再测定FT4，因每个医院实验室的药盒不同所以正常值不同。使FT4维持在正常值的上1/3范围。血清TSH值一般不作为治疗目标值，因为下丘脑-垂体-甲状腺轴的平衡需要一定的时间，在甲状腺激素水平恢复正常后1-2个月，甚至更长的时间，增高的TSH才能恢复正常。