熊去氧胆酸（UDCA）治疗有效者，几周后就可观察到肝脏生化指标的改善，6～9个月后指标改善更为明显，约20%的患者肝脏生化指标可在2年内复常，另外，有15%可在5年内复常，但仍有约2／3的患者对UDCA治疗应答不完全。并且，UDCA不能改善PBC患者常见的乏力、瘙痒症状以及相关的骨病或其他自身免疫特征。因此，对于UDCA疗效欠佳的患者，除了要考虑患者的依从性、是否同时服用考来烯胺（消胆胺）或考来替泊等胆汁酸螯合剂而影响了UDCA的疗效，以及是否重叠发生其他肝病外，还需要积极研究其他有效的治疗药物。目前有研究发现，加用腺苷蛋氨酸可改善患者的生化指标，另外，布地奈德和麦考酚酯可以增加疗效。原发性胆汁性肝硬化虽然是自身免疫性肝病的一种，但该病对激素的应答并不理想，大规模的临床试验证明且激素并不能改善患者的肝脏功能及延长生存时间，而且治疗还增加并发症的发生，因此，一般原发性胆汁性肝硬化患者不常规使用激素治疗。