失代偿期的原发性胆汁性肝硬化患者的治疗除了坚持服用熊去氧胆酸胶囊（UDCA）外，更主要的是防治肝硬化的并发症，尽量减轻瘙痒，提高生活质量。因胆汁排泄障碍导致主要在肠道吸收的脂溶性维生素D的吸收减少，而维生素D缺乏就会造成钙的吸收减少，继而出现骨质疏松，严重者可出现自发性骨折。因此，原发性胆汁性肝硬化的患者要长期补钙。如果有肝移植指征应尽量争取肝移植治疗。原发性胆汁性肝硬化患者需要进行肝移植的具体指标包括：血清胆红素超过6毫克／分升（103微摩尔／升），失代偿期肝硬化导致生活质量严重下降，或因难治性腹水、自发性腹膜炎、反复食管或胃底静脉曲张破裂出血、肝性脑病、原发性肝癌等导致预期生存期小于1年。PBC肝移植的最佳时机为Mayo模型危险积分为7.8左右时。Mayo模型主要用于对PBC群体的生存率预测及评价临床试验疗效，而对于PBC个体预后的预测价值有限，难以预测患者远期生存率。