中医药防治传染病的优势在于具有一定的先验性和灵活性，这是由于中医学立足于整体观念和辨证论治及有丰富的经验积累等学科特点决定的。

　　所谓的先验性，即中医学在面临新发传染病的疫情时，可以借助“审证求因”的思维方法，并参照大量古代类似疾病的处理经验制定出一定的治疗措施。中医药防治传染病，并不完全需要对病原体的详细了解，而是通过对传染病临床表现、发病季节、流行特点、易感人群、预后转归等流行病学规律的归纳分析，结合对流行区域的气候特点等外界因素进行综合分析，按照中医学理论提出对病因病机的认识，从而制定相应的防治方法，并从古人防治类似疾病的实践记载中汲取经验，进而通过临床验证不断完善诊治方案。这与现代医学需要借助病原学、流行病学、病理学等大量数据以制订防治方案的临床思维有所不同，因此在处理新发、突发传染病方面具有明显的优势。中医学数千年来保留下来的大量防治各种传染病的经验与文献等对中医药防治新发、突发传染病也提供了有力的借鉴作用。

　　所谓灵活性，是指中医学强调因人、因时、因地制宜及辨证论治的个体化治疗，其对传染病的防治既有一定的原则性，更有较强的灵活性。诊治方药的不断调整也对减少耐药等情况有一定的益处。