位于胆总管内时，称为胆总管结石。阻塞胆管的胆石可引起疼痛、恶心。阻塞使细菌在胆管内繁殖并很快造成感染，偶尔还会引起肝内脓肿。如果出现感染，可伴有发热、寒战和黄疸。偶尔会发生可危及生命的感染，称为细菌性胆管炎。

胆管结石可引起一系列严重问题，因此，应采用外科手术或通过内镜逆行胰胆管造影检查（ERCP)取出结石。采用ERCP，内镜(带有外科附件的可弯曲可可视性管道)经口插入，通过食管、胃进入小肠，经置入奥迪括约肌的小管注入造影剂。用一种叫括约肌切开术的方法，切开括约肌肉，开口增大足以使堵塞胆管的结石通过并进入小肠。90%的病人ERCP脸查和括约肌切除手术是成功的，死亡率小于0.4 %。3%～7%的病人出现并发症。较腹部手术安全性高。术后近期并发症包括出血、胰腺炎、至管穿孔或感染；2%～6%的病人，胆管再次狭窄，结石复发。

60岁以下、已行ERCP和括约肌切开的病人，反复发作胆管和胆囊问题者，应选择性切除胆囊，否则，在今后数年内，他们有可能发生急性胆囊疾患。ERCP方法能去除大多数结石，如有结石残留，这些残石能随后经后作永久性括约肌切开术的开口排出。任何残存结石均能在经外科手术括入胆管中的引流管拔除之前用内镜取出。