膀胱输尿管反流的自然消失与小儿年龄和反流程度有关，如果感染被控制，反流自然消失率Ⅱ级为63%，Ⅲ级为53%，Ⅳ级为33%。即使是程度严重的反流，部分也可完全消失。反流的自然消失与反流累及的有关系，单侧反流自然消失率可达65%；双侧反流，输尿管无扩张者自然消失率是50%，有输尿管扩张的仅10%左右。感染及肾瘢痕并不直接影响反流的消失，但肾瘢痕多见于严重反流的病例，反流自行消失的机会少，原发性膀胱输尿管反流在青年和成人中的发展趋势尚有争论。