尖锐湿疣易复发，复发的原因可能与患者存在其他性传播疾病感染有关，因而在治疗尖锐湿疣时应全面检查性传播疾病。发现若有淋病或非淋菌性尿道炎要及时治疗。尖锐湿疣复发也可能与亚临床现象存在有关，因而上药或用其他方法治疗时可应用5%醋酸检查，以便较彻底进行治疗。尖锐湿疣HPV潜伏感染可能导致尖锐湿疣复发。由于有HPV潜伏感染使非皮损区产生新的临床和亚临床皮损，二氧化碳激光或冷冻等局部去疣治疗后，通过溃疡周围HPV感染细胞修复溃疡上皮过程使原皮损部再发新的皮损。尖锐湿疣患者尿道内60%HPV潜伏感染成为传染危险的HPV库存灶，即可造成性伴间的HPV传染，又可通过自我感染造成尖锐湿疣复发。由于尖锐湿疣HPV潜伏感染广泛存在于尖锐湿疣生殖器之非皮损区及尿道内，单纯的局部疗法有时是不够的，寻找更有效调节宿主免疫功能将是治疗尖锐湿疣的方向。尖锐湿疣疫苗正在研究中。为预防尖锐湿疣的感染或再感染，根本的措施是防止性乱，要洁身自爱，此外，为预防间接感染，提倡不用公用毛巾、浴巾，不在共用的浴盆中沐浴。