非淋菌性尿道炎经及时正规治疗后预后良好，症状消失，无任何后遗症。如病人经治疗但症状持续存在，或症状消失后又出现，最可能的原因是其性伴未经治疗，发生再感染，或者是由于引起尿道炎或宫颈炎的其他原因的存在，应劝告病人复诊以查明原因。