非淋菌性尿道炎因症状不典型，易漏诊或误诊，一般来说，病人或配偶有性乱史，除外淋病，再结合实验室检查可确诊、除淋病外，非淋菌性尿道炎还应与以下疾病鉴别：①霉菌性尿道炎或阴道炎。常伴有龟头炎或阴囊会阴皮炎，分泌物直接镜检或培养可见酵母菌生长；②疱疹病毒感染。分泌物多、排尿困难明显、外生殖器可有水疱、糜烂皮疹、腹股沟淋巴结肿大，抗生素治疗无效。