关节疼痛是系统性红斑狼疮病人常见的症状之一，大约90%的病人在发病开始时有关节肿痛，尤其是双手指关节、腕关节肿痛。由于系统性红斑狼疮病人也可有类风湿因子阳性，所以往往在疾病的早期被误诊为类风湿关节炎。但与类风湿关节炎相比，系统性红斑狼疮的关节痛一般较轻，持续时间短；有的病人只有关节痛而无关节肿胀。虽然关节有晨僵，但持续时间短。随着病情进展和迁延，如不及时治疗，关节炎可逐渐加重，但不会像类风湿关节炎有骨破坏。少数病人由于关节周围软组织的纤维化而造成肌肉痉挛、肌腱滑脱，可使关节半脱位，甚至偏斜畸形，外形很像类风湿关节炎，但X线片上无骨破坏。大约1/3的系统性红斑狼疮病人有四肢肌肉疼痛，行走、活动受限。有些病人有肌酶谱增高，但如果做肌活检通常无多发性肌炎或皮肌炎那样典型的病理改变。随着系统性红斑狼疮的积极治疗，肌痛、肌无力会明显好转，肌酶谱会很快下降。