系统性红斑狼疮的病人免疫功能紊乱。许多研究有充分理由说明它是一种自身免疫性疾病：

　　1、病人体内有对自身组织、器官、细胞或细胞成分产生的抗体，如抗细胞核成分抗体、抗细胞浆成分的抗体、抗红细胞膜或抗白细胞膜或抗血小板膜的抗体，还可有抗磷脂抗体和甲状腺球蛋白抗体等。正常情况下，机体一般不产生自身抗体，或仅产生低水平的自身抗体，因此不会引起自身免疫性疾病。自身抗体的量超过一定的数值，或自身反应性细胞被大量活化，就可能发生自身免疫性疾病。

　　2、病人体内有细胞免疫的异常：辅助性T细胞激活B细胞产生免疫球蛋白和白细胞介素，反过来B细胞也可以激活T细胞，两者相互作用导致大量的自身抗体产生。

　　3、自身抗体与相应的抗原结合，并在补体的参与下形成免疫复合物，该复合物可随血循环沉积在血管壁、皮肤、肾脏等组织器官，从而造成损伤。已在病变的肾组织洗脱液中找到抗DNA与DNA的复合物，病人的皮肤、胸水、心包积液中也可查到免疫复合物。

　　在内因及外因的共同作用下，产生严重的生理、心理障碍使机体免疫调节功能失衡，出现一些不该出现的过高、过强的免疫反应，导致组织损伤而出现种种临床症状。因此目前普遍认为，系统性红斑狼疮是由多种因素造成的。