很多患者担心自己患过心肌炎以后会留下病根，其实并不尽然。本病预后与患者免疫状态、心肌损伤程度和范围、有无内环境紊乱、继发感染以及治疗是否及时恰当有关。多数患者经适当治疗后康复，少数可遗留心律失常，极少数因急性心力衰竭、严重心律失常或心源性休克死亡。一般成人临床表现较新生儿和儿童轻，孕妇和婴幼儿病情较凶险。柯萨奇B组病毒持续感染合并心肌损伤者，可发展为扩张型心肌病。