不明原因肝损伤的治疗有时候是和寻找病因同时进行的，所以对于一些尚未了解病因的患者，治疗时尽量选择一些有明确适应证的药物，避免引起进一步肝损伤；诊断不清时治疗应尽量简化或逐步增加，以免出现新问题时无法分析；同时，治疗中应当密切监测治疗后反应，有疗效时可以反过来提示可能存在的疾病类型；治疗中还应继续积极寻找病因，随时调整治疗。

　　通常情况下，不明原因肝损伤有2种治疗结局：①诊断始终不清楚，但是由于急性致病因子导致，例如某些未分型的病毒性肝炎，治愈后未再复发，被认为是治愈；②有些后来发现和遗传相关，如基因突变所致者，由于为家族遗传，可能暂时无法治愈。但随着科技发展，一些基因治疗药物上市后可能会扭转结局。是否能治愈，最简单的办法就是定期监测肝功能。