不明原因肝损伤的诊断往往是排除性诊断：需要首先检测常见的肝损伤原因，如病毒性肝炎、巨细胞病毒、EB病毒感染；要追问饮酒史、了解服药及保健品病史；进行自身抗体等的检测；还需进行遗传代谢的一些酶学及基因的检测。当排除了这些常见的肝损伤原因仍然不能够确定肝损伤病因时，就应当考虑肝穿刺活检了。肝活检有助于了解肝脏组织及细胞形态、肝内血管及胆管病变情况、炎症及纤维化的发展程度，一些特殊的染色还有助于发现特殊的蛋白质、糖原、金属、寄生虫和真菌、结核菌感染等。当结果都是阴性时，便应考虑为不明原因肝损伤。