首先需要说明的是任何手术都有风险，心脏手术因多需体外循环支持、术中需要心脏停搏等使其成为外科手术中难度较大的手术，因此，手术风险也较其他专业的手术风险要大。但随着心脏外科整体学术水平及技术水平的提高，在常规开展心脏外科手术的医院，这种手术就成了常规手术，手术风险相对控制较低。尽管如此，先心病的手术治疗仍会存在麻醉意外，体外循环意外（包括气栓、血栓、心搏骤停等），药物过敏，凝血机制障碍，心包填塞，难以纠正的水、电解质及代谢等内环境紊乱，声嘶，呛咳，乳糜胸，残留分流，各瓣膜反流，各种严重心律失常，房室传导阻滞等并发症。这些手术并发症的发生几率很小，但只要有可能发生，手术医生就会在术前向患儿家长交代。