原则上应根据不同的免疫缺陷病选择不同的治疗方法，就是同一个疾病，在不同的严重程度或者病情不同阶段治疗原则不一样，要根据病人具体情况选择最适合的治疗方案。如原发性抗体缺陷病，应该定期给病人补充抗体，而且这个抗体补充还需要根据病人的代谢特点制定一个细化的方案，总的目的维持体内抗体水平在一定程度，保证不发生感染，而酶缺乏患者应补充所缺乏的酶，这些都属于替代治疗。

    根治原发免疫缺陷病最主要的治疗方法是免疫重建，可以通过造血干细胞移植重建健康免疫系统，基因治疗也是一种理想的根治原发免疫缺陷病的方法，但真正用到病人身上还需要一定的时间。