新生儿衣原体感染多是由沙眼衣原体引起的感染。出生时产道感染是主要的感染途径，仅少部分通过胎盘或胎膜感染。

    新生儿衣原体感染最常见的表现为结膜炎和肺炎，部分可合并有中耳炎、鼻咽炎及女婴的阴道炎。

    衣原体结膜炎常在出生后5～14天发病，双眼出现黏性分泌物，很快转为脓性，可伴有结膜充血、水肿及眼睑的水肿。

    衣原体肺炎多在出生后2～4周发病，早期表现为上呼吸道感染症状，可有发热，伴有结膜炎和黏液性鼻涕，逐渐出现呼吸困难及阵发性咳嗽，常迁延不愈。