新生儿呼吸窘迫综合征的主要并发症有：动脉导管未闭、肺动脉高压、肺部感染、支气管肺发育不良、肺出血、颅内出血等。

    早产儿本身动脉导管的组织就未发育成熟，常常不能自发关闭。但在新生儿呼吸窘迫综合征的早期肺血管阻力增加，常发生右向左分流，至恢复期肺血管阻力下降，即可出现左向右分流，此时因肺动脉血流增加而导致肺水肿，出现间歇性呼吸暂停和充血性心力衰竭，甚至危及生命。在心前区胸骨左缘可听到收缩期杂音，以第2～3肋间最响，如肺血管阻力下降幅度大，甚至可出现连续性杂音。胸部X线片显示心脏影扩大，肺野充血，B型超声心动图可直接探得未闭的动脉导管。由于缺氧和酸中毒，新生儿呼吸窘迫综合征时易并发肺动脉高压，同时有动脉导管未闭时发生右向左分流，使病情加重。新生儿呼吸窘迫综合征时常会进行气管插管、机械通气等多种气道操作，因此，很容易合并肺部感染。同时，因长时间的吸高浓度氧、机械通气等多种原因，会造成肺损伤，肺纤维化，导致支气管肺发育不良。早产和严重的缺氧等因素还可以造成肺出血、颅内出血等。