儿童系统性红斑狼疮的早期表现因人而异，常见的有发烧、乏力、体重减轻、皮疹、关节疼痛或肿胀、肌肉疼痛或无力等。皮疹可以出现在颜面、颈、躯干、手臂等处，当皮疹出现在鼻子及面颊时，看起来像只蝴蝶，把这种形状特点的皮疹称为蝶形红斑。有些人的皮疹在经过阳光照射后会变得更严重，称为光敏感性。手或脚暴露在寒冷的环境中会变成蓝紫色，称为雷诺现象。有的系统性红斑狼疮患儿可能会因各种血细胞数目（红细胞、白细胞、血小板）的减少，进而引起贫血，容易感染，容易出血，导致身体虚弱、面色苍白、反复发烧、皮肤瘀斑等表现。当狼疮侵犯心脏、肺脏时，可以表现为咳嗽、呼吸急促、心慌、气短等。肾脏受到损害时，除了因为大量蛋白由尿液中流失引起水肿外，通常在患病初期可以没有任何症状出现，因而造成诊断困难，一般儿童患者多数都有肾脏损害。