对生酮饮食治疗的癫痫患者进行分析，最多见的不良反应为脱水，均发生在生酮饮食早期，达46.5%，密切监测患儿24小时出入量并及时对症处理，可有效避免此不良反应，其次为消化道症状、感染性疾病、脂代谢障碍、高尿酸血症。生酮饮食增加嘌呤的产生，导致尿酸升高，可形成尿路结石，多饮水、服用枸橼酸钾和避免服用升高尿酸的药物可以预防。肾结石是生酮饮食较严重和常见的不良反应。研究显示，生酮饮食治疗12个月后，75%的患儿身高增长减少，提示生酮饮食对患儿的生长发育有延缓作用，考虑与饮食口感欠佳，患儿食欲减退相关，改善生酮饮食的口感可减轻该不良反应。