引起盆腔巧克力囊肿的原因至今不明，可能与经血倒流，宫腔操作等因素有关。巧克力囊肿主要发生在卵巢，卵巢巧克力囊肿又称卵巢内膜异位囊肿，是因子宫内膜异位到卵巢内引发的一种疾病，它是子宫内膜异位症中最常见的一类，是一种卵巢良性囊肿。子宫内膜异位到卵巢内后，仍受卵巢性激素的周期性影响。当月经来潮时，卵巢内的异位内膜也会发生出血，血液无法排出体外，潴留在卵巢内。随着月经周期周而复始的循环，潴留于卵巢内的血越积越多，形成大小不一的囊肿，由于囊肿内的血呈暗红色，似巧克力糊状，故又称为卵巢巧克力囊肿。

　　卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部分，发生囊肿自发性破裂，囊肿破裂后流至盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，并可造成盆腔器官的粘连，导致不孕。