近亲结婚后代患遗传病的概率大、存在巨大风险。表兄妹结婚后代患某些遗传病的概率可达1/64，而非近亲结婚后代患某病的概率很小（例如小头畸形患病率约为1/77000，白化病患病率约为1/40000，半乳糖血症约为1/90000），可见近亲结婚时致病基因可在家族中聚集，非近亲结婚时此基因在家族中扩散。人体约有30万个基因，而表兄妹间有118的基因可能相同，因此表兄妹间可能约有4000个相同的基因，如此多的基因难以避免有相同致病基因。再者，表兄妹间携带相同染色体的概率约为0.998，可见表兄妹间几乎一定有相同的染色体。且相同染色体上携带相同的致病基因的概率很大，后代患上以下严重疾病的可能性也大，如先天性聋哑、甲基丙二酸尿症、小头畸形、苯丙酮尿症、白化病、半乳糖血症等隐性遗传病；唇裂、脑积水、脊柱裂、无脑儿、精神分裂症、先天性心脏病、癫痫等多基因遗传病，并且先天畸形、早产和流产、幼儿夭折的风险也增加。从而严重影响后代身体健康和家庭幸福，甚至为家庭和社会带来负担。生物的近亲繁殖可使后代逐渐退化，降低后代的生活能力和生活质量；反之，亲缘关系较远，不但后代的遗传病概率小，而且还可能获得优势。例如很多混血儿在体质、智力、能力等方面比常人要突出。虽然近亲结婚的后代并非绝对都是遗传病患者，非近亲结婚的后代也不是绝对正常，但近亲结婚生育的后代患有遗传病的风险很大。如此看来，近亲结婚很可能生出“养之不能，弃之不忍”的孩子，抱憾终生，给家庭带来沉重的精神、经济负担，甚至毁掉一个家庭，而且还影响到整个民族的人口质量。所以我国自古以来就有“男女同姓，其生不蕃”之说，并且现在婚姻机关对近亲婚姻不予登记，法律也不保护近亲婚姻。